一開始，機器和人類斗爭，機器勝利后制造了矩陣，矩陣是個由代碼構(gòu)建的虛擬世界，并把所有人類接入矩陣，欺騙他們讓其以為自己生活在現(xiàn)實中。實則每個人類都被溶液泡著關(guān)在一個容器內(nèi)，身上連接著各種傳感器。但是總有人類能發(fā)現(xiàn)矩陣是虛擬世界而不是真實的，于是矩陣的核心程序即架構(gòu)師將這部分覺醒的人安排到錫安，并定期從人群中覺醒一個救世主，讓救世主帶領(lǐng)錫安的人反抗。救世主面見架構(gòu)師時，矩陣全部清除重來，從而實現(xiàn)矩陣的進化，以維護矩陣對人類的欺騙。而矩陣某次更新時產(chǎn)生的先知程序介入了架構(gòu)師的計劃，她設(shè)計讓第六代救世主與女人相愛，于是尼奧在人類和崔妮蒂之間選擇了后者。他們回到現(xiàn)實后去與機器大帝（矩陣的主人）談判。因為史密斯類似病毒污染矩陣世界，大帝需要尼奧的幫助，于是達成交易，在尼奧犧牲以后，人類與機器終于和平。