在經過第一季神盾局被九頭蛇掀翻個底朝天之后，弗瑞隱退，重擔完全落在新任神盾局長科爾森身上，一邊需要清理九頭蛇余黨，一邊還要整頓支離破碎的神盾局，還要對付軍方，自己的秘密也要揭開。如此多的劇情線進行得有條不紊，雖然曾經的干凈利落卻又飽含神秘的特工片已經很難再出現(xiàn)，重心已經轉移到角色與觀眾共同的未知秘密上。本季繼續(xù)與MCU電影《復仇者聯(lián)盟：奧創(chuàng)紀元》聯(lián)動，還通過半季的伏筆正式引入異人族，并通過希芙女士引入克里人的概念，斯凱和科爾森的秘密完全揭開，神盾局再次整合，沃德故事線也最終捋清。